在美达菲，除了学术课程之外，学生的各类活动、竞技、比赛都以学院为单位进行开展。学校通过学院实现对学生、班级跨年级的纵向管理。
每个学院都有自己的名称、代表色和属性。美达菲学校的学生及老师在加入美达菲时，都会被随机分配到一个学院中。每个学院包括不同年龄阶段的学生，他们彼此激励，共同成长，这有利于学生们在校期间形成强烈的集体意识和合作精神。学院就像一个大家庭，是师生们心灵的归属。
当学生踏入美达菲，与其说学校塑造了他，更多地说是他所在的学院塑造了他。这种塑造虽然相比于正式的课程等是隐性的，但是对于个体身份认同的形成起到了很关键的作用。也就是说，在这里，学生以学院为单位找到自己的圈子，而学院也将精英意识形态潜移默化带给学生，从外到内对学生进行渗透，为美达菲培养一批又一批杰出人才。
